强拆农村厕所是不合法的。面对违法强拆，应该果断采取行动。强拆之前，采取适当措施能有效预防违法强拆的发生，尽可能延长拆迁周期等。强拆时，要注意对拆迁方违法行为的证据搜集，为将来的补偿谈判和赔偿申请做准备。强拆之后，应及时向有关部门反映和申诉或向司法机关提起诉讼。
根据《中华人民共和国城乡规划法》第六十四条的规定：“未取得建设工程规划许可证或者未按照建设工程规划许可证的规定进行建设的，由县级以上地方人民政府城乡规划主管部门责令停止建设；尚可采取改正措施消除对规划实施的影响的，限期改正，处建设工程造价百分之五以上百分之十以下的罚款；无法采取改正措施消除影响的，限期拆除，不能拆除的，没收实物或者违法收入，可以并处建设工程造价百分之十以下的罚款。”同时，根据六十八条规定：城乡规划主管部门作出责令停止建设或者限期拆除的决定后，当事人不停止建设或者逾期不拆除的，建设工程所在地县级以上地方人民政府可以责成有关部门采取查封施工现场、强制拆除等措施。