公司违法辞退员工的应当支付经济补偿金，如有劳动争议，保留相关证据应向用人单位所在地的劳动争议仲裁委员会申请仲裁。
《劳动法》第七十九条，劳动争议发生后，当事人可以向本单位劳动争议调解委员会申请调解；调解不成，当事人一方要求仲裁的，可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。当事人一方也可以直接向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。对仲裁裁决不服的，可以向人民法院提起诉讼。