土地纠纷分为三类，三种纠纷的处理方式也不同。

具体处理方式如下：
土地确权纠纷，由当事人协商解决；协商不成的，由人民政府处理；单位之间的争议，由县级以上人民政府处理；个人之间、个人与单位之间的争议，由乡级政府处理。当事人对有关人民政府的处理决定不服的，可以自接到处理决定通知之日起30日内以作出处理决定的人民政府为被告提起行政诉讼。
土地侵权纠纷，由当事人协商解决。协商不成的，可由土地行政主管部门进行行政调处。当事人对行政调处不服的，可以以对方当事人为被告提起民事诉讼；当事人也可不经行政调处直接提起民事诉讼。
土地行政争议，按一般行政复议及行政诉讼程序处理。

法律依据：

《土地权属争议调查处理办法》第四条

县级以上国土资源行政主管部门负责土地权属争议案件(以下简称争议案件)的调查和调解工作；对需要依法作出处理决定的，拟定处理意见，报同级人民政府作出处理决定。

县级以上国土资源行政主管部门可以指定专门机构或者人员负责办理争议案件有关事宜。

《土地权属争议调查处理办法》第五条

个人之间、个人与单位、单位与单位之间发生的争议案件，由争议土地所在地的县级国土资源行政主管部门调查处理。

前款规定的个人之间、个人与单位、单位与单位之间发生的争议案件，可以根据当事人的申请，由乡级人民政府受理和处理。