违法行为属于一般的违法经营行为，其违法所得应当扣除成本。
1、相对人从事的不是违法经营行为，而是单纯的违法行为或者侵权行为。比如，公司经理利用职权收受贿赂或者侵占公司财产，按照《公司法》第二百一十四条规定，应当没收公司经理的违法所得，责令其退还公司财产。社会危害性远远大于一般的违法经营行为，对这种情况的处理要体现出更强的惩罚性，而扣除成本则没有任何惩罚性。从目的解释的角度考量，计算违法所得不能扣除成本。
2、相对人经营的产品属于其不能使用、收益的违法产品。比如，某印刷厂非法印制烟草制品商标标识，根据《烟草专卖法》第三十七条规定，工商行政管理部门应当销毁印制的商标标识，对其没收违法所得，并处罚款。从目的解释和联系上下文的体系解释两个角度看，这里的商标标识属于违法产品，应予销毁。也就是说，相对人不能使用商标标识、也没有受益，因此，相对人投入的成本在法律上就没有收回的理由；与此相对应，计算违法所得时也不能扣除成本。
3、根据法律规定能够推出计算违法所得不扣除成本的含义。比如：某人未经批准，购买印刷设备，私自承揽印刷业务，按照出版管理条例第四十五条规定，行政机关应当对其予以取缔，没收出版物和从事非法活动的主要专用工具、设备以及违法所得，并处违法所得2倍以上10倍以下的罚款。联系上下文，既然出版物都没收了，则出版物销售的收入自然也应当没收，违法所得自然也不能扣除成本。