违章建筑超过两年依旧是不合法的，要依据相关规定予以拆除。我国法律规定超过两年只是不再给予行政处罚，而不是不予拆除。
根据《中华人民共和国行政处罚法》第二十九条
违法行为在二年内未被发现的，不再给予行政处罚。法律另有规定的除外。 前款规定的期限，从违法行为发生之日起计算；违法行为有连续或者继续状态的，从行为终了之日起计算。