劳动者在公司辞职，而且按公司规定办理离职手续和工作交接，但公司克扣工资，那么违反劳动合同法规定，劳动者可以反映到劳动局解决，申请赔偿。根据《中华人民共和国劳动法》第五十条：工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。企业必须在员工离职后十五日内办理解除劳动关系证明书及社保转移手续。未办理的，造成员工损失的，企业承担法律责任。
第九十一条：用人单位有下列侵害劳动者合法权益情形之一的，由劳动行政部门责令支付劳动者的工资报酬、经济补偿，并可以责令支付赔偿金：
(一)克扣或者无故拖欠劳动者工资的；
(二)拒不支付劳动者延长工作时间工资报酬的；
(三)低于当地最低工资标准支付劳动者工资的；
(四)解除劳动合同后，未依照本法规定给予劳动者经济补偿的。