一是覆盖的人群不同。城镇居民医保主要覆盖城镇户籍的居民，新农合主要覆盖农村户籍居民。二是管理的部门不同。城镇居民医保主要由人社部门管理，新农合多数地方由卫生部门管理。三是保障待遇的侧重点不同。城镇居民医保主要保住院和门诊大病兼顾普通门诊，所以住院及门诊大病待遇都要高于新农合。新农合的门诊待遇水平要高于城镇居民医保。