如果政府修建高铁占用了房屋，一般情况下应该按照该地区当时的市场价格对被征收人进行补偿，同时政府应给与被征收人一定的奖励以及帮助被征收人安置新房。
依据《国有土地上房屋征收与补偿条例》规定：为了公共利益的需要，征收国有土地上单位、个人的房屋，应当对被征收房屋所有权人(以下称被征收人)给予公平补偿。
依据《国有土地上房屋征收与补偿条例》规定：作出房屋征收决定的市、县级人民政府对被征收人给予的补偿包括：
(一)被征收房屋价值的补偿；
(二)因征收房屋造成的搬迁、临时安置的补偿；
(三)因征收房屋造成的停产停业损失的补偿。
市、县级人民政府应当制定补助和奖励办法，对被征收人给予补助和奖励。
对被征收房屋价值的补偿，不得低于房屋征收决定公告之日被征收房屋类似房地产的市场价格。被征收房屋的价值，由具有相应资质的房地产价格评估机构按照房屋征收评估办法评估确定。
对评估确定的被征收房屋价值有异议的，可以向房地产价格评估机构申请复核评估。对复核结果有异议的，可以向房地产价格评估专家委员会申请鉴定。
依据《国有土地上房屋征收与补偿条例》第二十二条规定　因征收房屋造成搬迁的，房屋征收部门应当向被征收人支付搬迁费；选择房屋产权调换的，产权调换房屋交付前，房屋征收部门应当向被征收人支付临时安置费或者提供周转用房。