本次税率调整，农产品扣除率仍是政策设计时需要考虑的一个问题。

2017年7月，增值税税率实施“四并三”改革，农产品税率下调后，为了解决农产品深加工企业可能出现的税负上升问题，给予这部分企业维持扣除力度不变的过渡措施，也就是在11%扣除率的基础上加计了2个点，按照13%扣除率计算进项税额，征扣税率差保持在4个百分点（销项17%，进项13%）。 ；

此次税率调整，农产品深加工企业产成品适用税率由17%下调至16%，我们总体考虑是征税率下调，退税率、扣除率均应同步下调，这样有利于下一步规范增值税制度，减少税收风险。因此将其扣除率也同步下调一个点，确定为12%。和税率调整前相比，农产品深加工企业购进农产品加计扣除的力度是一样的，只是在10%的基础上加计2个百分点。