伤残者擅自到非指定机构鉴定伤残有效。根据《民事诉讼法》的有关规定，鉴定可以由当事人自己申请有关机构进行，而不一定必须要通过国家机关申请。《交通事故处理程序规定》也不再要求伤残者必须先向公安机关提出申请，而是可以自己直接向有关鉴定机构申请评定，也可以通过公安机关申请。
法律依据：
《交通事故处理程序规定》第五十条检验、鉴定费用由公安机关交通管理部门承担，但法律法规另有规定或者当事人自行委托伤残评定、财产损失评估的除外。