个体工商户生产经营所得个人所得税税率适用5%至35%的超额累进税率，即根据收入金额的不同按3%至35%来计算个人所得税。根据《中华人民共和国个人所得税法》第三条规定，个人所得税的税率：（一）综合所得，适用百分之三至百分之四十五的超额累进税率；（二）经营所得，适用百分之五至百分之三十五的超额累进税率；（三）利息、股息、红利所得，财产租赁所得，财产转让所得和偶然所得，适用比例税率，税率为百分之二十。