妨害军事设施保护区管理秩序罪是指行为人违反军事设施保护法的规定，聚众冲击军事禁区，严重扰乱军事禁区和军事管理区秩序，致使军事管理区工作无法进行，依法应受刑罚处罚的行为。对于妨害军事设施保护区管理秩序罪的处罚，《刑法》第三百七十一条第一款的规定，构成此罪的，对首要分子处5年以上10年以下有期徒刑；对其他积极参加的，处5年以下有期徒刑、拘役、管制或者剥夺政治权利。根据本条第二款的规定，构成此罪的，对首要分子处3年以上7年以下有期徒刑；对其他积极参加的，处3年以下有期徒刑。