自建房没有房产证的拆迁补偿，主要有三种情况：
第一就是房产证在别人的名下，没有过户给你，这种情况补偿款是直接支付给房屋所有权所记载的产权人的，当然你也可以向卖方要求赔偿，如果双方协调不成，可以向法院提起诉讼。
第二种情况就是该房屋没有取得，相应的规划报建手续，无法办理房产证，这时在拆迁的过程当中是无法取得拆迁补助的，如果不能认定为违法建筑，而又无产权证的话，一般是可以获得适当补偿的，但和合法产权的补偿相比金额要少得多，一般是参照建筑成本进行补偿，而合法产权的房屋拆迁补偿是根据被拆迁房屋的定位，建筑面积，用途等因素来计算补偿金额的，用房地产市价估算价格确定，这相同地段的商品房价格差异不大。
第三种不能拿到房产证的原因就是你不能拿到房屋规划报建，或者是其他手续不齐，这种情况遇到拆迁，一般来说是得不到补偿的，主要有两点原因，一是不具备获得拆迁补偿的相关主体资格，从法律意义上来说，你不是拆迁的当事人，自然不能得到补偿，实践中也有拆迁人愿意对被拆迁人进行补偿，只要双方达成一致协议，这也是合法的现象，但是反过来说，如果拆迁人不愿意付才拆迁费，那么你也没有理由将他们告上法庭，是不能通过法律渠道解决的。第二个原因是因为拆迁的房屋是违法建设的，对规划之前建设各地的政策会有所不同，只要不是严重影响到规划的自建房，一般是可以认定的，而补偿的标准，货币补偿的金额，根据被拆迁房屋的区位，建筑面积，用途等因素来进行房屋市场估价，但如果超出了部分太严重，自然就得不到补偿了。
《国有土地上房屋征收与补偿条例》第二十四条的规定：“市、县级人民政府作出房屋征收决定前，应当组织有关部门依法对征收范围内未经登记的建筑进行调查、认定和处理。对认定为合法建筑和未超过批准期限的临时建筑的，应当给予补偿；对认定为违法建筑和超过批准期限的临时建筑的，不予补偿。”