（一）村主任侵吞牧民安居工程款自筹款行为人是构成贪污罪。
1、根据《刑法》规定，公共财产包括国有财产、劳动群众集体所有的财产、用于扶贫和其他公益事业的社会捐助或者专项基金的财产。在国家机关、国有公司、企业、集体企业和人民团体管理、使用或者运输中的私人财产，以公共财产论。
2、牧民安居工程的目的是改善牧民集体居住条件，是村集体的集体行为，在牧民安居工程中由村集体使用的这部分钱款是集体所有的财产。
3、钱款属于特殊的种类物，占有和所有是同一的。无论是借贷、委托他人保管、自愿给予，从钱款转移占有开始，出资人即丧失对该笔钱款的所有权，由受让人取得所有权。
因此以钱款的保管、使用方式来界定钱款是否属于公款的思路，村委会主任的侵吞牧民安居工程款的行为应当认定为贪污罪。
（二）法律依据：
1、《刑法》第三百八十二条 【贪污罪】国家工作人员利用职务上的便利，侵吞、窃取、骗取或者以其他手段非法占有公共财物的，是贪污罪。
受国家机关、国有公司、企业、事业单位、人民团体委托管理、经营国有财产的人员，利用职务上的便利，侵吞、窃取、骗取或者以其他手段非法占有国有财物的，以贪污论。
2、《刑法》第九十一条，本法所称公共财产，是指下列财产：
(1)国有财产；
(2)劳动群众集体所有的财产；
(3)用于扶贫和其他公益事业的社会捐助或者专项基金的财产。
在国家机关、国有公司、企业、集体企业和人民团体管理、使用或者运输中的私人财产，以公共财产论。