员工自离是有工资的。如果单位拖欠、克扣员工的工资，员工可以申请劳动仲裁或者向劳动监察部门投诉，维护自己的合法权益。但是如果单位是依据法律或者合法的规章制度，对员工的工资进行一定的扣减，员工就无权要求单位返还。且如果因为员工的自离给单位造成了一定的损失，单位有权要求员工进行赔偿。