根据法律规定，如果甲方认为与乙方达成的赔偿协议不公平，且该协议未得到有效的执行，那么甲方有权向人民法院申请撤销该协议。在法院受理的情况下，可以考虑调解或判决方式解决纠纷。 具体到本案中，如果法院受理了乙方的诉讼请求，且认为甲方确实存在违约行为，法院可能会依法裁决，要求甲方履行赔偿协议或者支付相应的违约金等。同时，法院也会审查双方之间的协议是否符合法律规定，以及是否存在欺诈、胁迫等情况。 因此，在这种情况下，建议甲方和乙方通过协商解决问题，争取公平合理的解决方案。同时，也可以寻求专业的法律帮助，以便更好地维护自己的合法权益。