根据我国相关法律规定，房屋所有权人可以通过遗嘱或者其他合法方式处分其房产，包括将房产赠与他人或者作为遗产留给继承人。在您父亲和母亲之间的离婚协议中，双方约定房子归母亲所有，并没有明确表示不允许父亲居住使用该房产。 然而，如果父亲坚持要求返回宅基地使用权证书，这可能会对您的权益产生一定的影响。因为宅基地使用权属于国家所有，不属于个人财产，而宅基地使用权证书则是证明您拥有该宅基地使用权的有效证件。因此，如果父亲坚持要回宅基地使用权证书，可能会导致您无法享受该房产带来的收益或权利。 建议您与父亲沟通，了解他的具体需求和理由，并寻求专业的法律意见，以确保自己的合法权益得到保护。同时，也可以考虑通过协商或法律途径解决这个问题。