首先，根据法律规定，在诉讼过程中，当事人有权要求人民法院对案件进行调解。在本案中，双方已经签订了协议并按了手印，这表明双方已经就赔偿事宜达成了共识，并且也同意按照该协议履行。 其次，根据《民事诉讼法》的规定，一方当事人向人民法院起诉请求确认其与另一方之间存在合同关系的，应当提供证据证明其与对方之间的合同关系成立。如果被告已经支付了部分款项，但剩余金额未得到偿还，原告可以提出反诉，要求被告继续履行合同义务或者返还已支付的款项。 再次，关于剩余金额是否应由法院判决，这需要具体分析案情。如果被告已经支付了部分款项，剩余金额未得到偿还，且这部分金额属于被告应当承担的责任范围，那么法院可能会对这部分剩余金额作出判决。然而，如果被告已经支付了全部款项，或即使支付了部分款项，但剩余金额不属于被告应当承担的责任范围，则法院可能会拒绝判决。 因此，建议您及时收集相关证据材料，包括但不限于双方签订的协议、证人证言等，以便为自己的主张提供充分的支持。同时，也可以考虑聘请专业的律师帮助处理此事，以确保您的权益得到有效维护。