您的父亲去年欠下了女婿的5000元，并且该债务并未得到偿还。现在，当他们的婚姻关系结束时，法院可能会考虑这个债务并将其纳入离婚补偿的一部分。然而，具体是否将此债务计入离婚赔偿中需要根据当地的法律规定和实际情况进行判断。建议您与当地律师或法律顾问咨询以获得更准确的信息和帮助。