甲某作为国家工作人员被举报涉受贿犯罪。问:请依据我国相关法律规定进行分析，该案应该有什么机关行使管辖权?如果该案已经处于审查起诉阶段，发现其犯罪事实有不清楚的地方，此时该如何处理?