在交通事故中，如果肇事车辆已被扣押并存放在公安部门的指定地点，那么事故双方通常会就赔偿事宜进行协商。在这种情况下，公安部门作为事故处理机关，有权保存事故现场的相关证据，并对相关情况进行调查。 然而，在这种情况下，如果肇事车辆上的行车记录仪也被公安机关所删除，这可能会导致某些关键信息无法提供给事故当事人或第三方机构进行分析和评估。这种情况可能会影响事故的责任认定，因为行车记录仪可以用来记录事故发生时的详细情况，包括速度、方向等重要信息。 因此，如果肇事车辆上的行车记录仪被删除，可能会增加事故责任认定的难度，甚至可能导致一方或多方承担更大的责任。在这种情况下，建议事故当事人尽快与负责事故处理的公安机关联系，了解是否存在其他解决途径或者寻求专业的法律帮助来保护自己的合法权益。