在处理此类案件时，应遵循相关的法律规定和司法程序。当法院收到过付款，并且对方不同意调解，这通常意味着诉讼已经开始或正在进行中。 根据《中华人民共和国民事诉讼法》第93条的规定，当事人同意调解的，人民法院应当进行调解；调解不成的，应及时判决。这意味着，在双方协商一致的情况下，可以进行调解并达成协议，或者直接通过审判程序解决争议。 因此，在这种情况下，是否将过付款退还给被告，取决于法院的最终裁决结果以及调解的结果。如果双方能够就争议达成一致，调解成功并得到了法院的认可，那么过付款可能需要退还给被告。然而，如果调解未果，法院可能会裁定按照原状执行，即过付款仍然属于原告，由其自行处置。 总之，在遇到类似情况时，建议及时咨询专业的法律顾问，以便更好地了解相关法律法规及实际情况，以做出最合适的决策。