在离婚案件中，孩子的抚养权通常是根据双方的具体情况和法律规定来决定的。对于您提到的情况，如果有两个孩子，且大的是五岁，小的是三岁，那么法院可能会考虑孩子的年龄、健康状况、与父母的关系等因素来判决抚养权。 关于您的身体健康状况，如果正在接受结核病治疗，并且治疗过程中需要长期服药或休息，这可能会影响孩子的抚养权。但是具体影响程度要取决于治疗方案和个人身体恢复情况。 至于是否会影响到孩子的抚养权，这通常是由法官根据具体情况综合考量的。因此，建议您尽快联系专业的律师进行详细的咨询和指导，以便更好地了解相关法律法规及可能的影响因素。同时，协商解决也是解决问题的一种方式，但最终的判决结果还是要由法院依据实际情况做出。