《中华人民共和国发票管理办法》第三十二条规定。“任何单位和个人不得有下列虚开发票行为。（一）为他人、为自己开具与实际经营业务情况不符的发票；（二）让他人为自己开具与实际经营业务情况不符的发票；（三）介绍他人开具与实际经营业务情况不符的发票。”因此，如果商家未经客人同意就擅自作废发票的行为属于违反上述规定中的第二条和第三条，即“为他人、为自己开具与实际经营业务情况不符的发票”和“让他人为自己开具与实际经营业务情况不符的发票”，则该行为构成虚开增值税专用发票或者用于骗取出口退税、抵扣税款的其他非法凭证。根据相关法律规定，这种行为是违法的，可能面临行政处罚或刑事责任。 在处理此类案件时，应确保证据充分且合理，以支持对违法行为的指控。同时，也需要遵守相关的法律法规，避免因不当操作而引发不必要的纠纷或法律责任。