在协议离婚无法达成一致，且存在财产纠纷的情况下，您可以选择通过法律途径解决。首先，您需要了解的是，根据《中华人民共和国婚姻法》的规定，夫妻双方在离婚时，应当对共同财产进行分割。如果双方无法就财产分割达成协议，可以向人民法院提起诉讼。 在您的情况下，由于分居已经超过两年，这可能会被视为夫妻感情破裂的证据之一。在财产分割方面，法院会根据财产的性质、来源、双方对家庭的贡献等因素进行综合考虑。一般来说，共同财产应当平均分配，但也会考虑到照顾子女和女方的原则。 对于财产价值大约1000万元的情况，建议您准备相关证据，如财产清单、财产来源证明、双方收入证明等，以支持您的财产分割主张。同时，如果存在债务问题，也需要提供相应的证据。 在诉讼过程中，法院可能会根据案件的具体情况，采取调解、判决等方式来解决财产分割问题。如果调解不成，法院会依法作出判决。判决生效后，如果一方不履行，另一方可以申请法院强制执行。 建议您在进行诉讼之前，咨询专业律师，以便更好地维护自己的合法权益。