根据《中华人民共和国社会保险法》的规定，社会保险关系的处理应当在用人单位和参保人员所在地的社会保险经办机构进行。因此，如果公司在上海注册，并在北京办公，那么其职工的社保缴纳问题应该首先向上海市的社会保险经办机构提出申请，然后由上海市的社会保险经办机构转至北京市的社会保险经办机构进行处理。 具体操作流程如下。 公司应先在上海的社保经办机构办理参保手续，包括个人基本信息登记、建立社保账户等。 公司员工需要按照要求提供相关材料（如身份证、户口簿、劳动合同等），并按照当地规定进行缴费。 如果公司选择异地就医，还需携带医疗费用发票等相关证明到指定医院进行报销。 请注意，以上信息仅供参考，具体情况可能因地区政策不同而有所差异，请以当地相关部门发布的最新政策为准。