您好！根据法律规定，借款合同应当采用书面形式，并且至少需要有一方当事人的签名和盖章。在您提供的案例中，虽然有借款协议的两份，但其中一份是只由甲方签字而未加盖公章或按指印的协议，另一份则是由甲方和乙方共同签字的完整协议。这种情况下，如果要让该借款协议具有法律效力，必须确保所有的签字都真实有效，并且按照法律规定进行了相应的程序，例如公证等。因此，在您的情况中，除非能够证明其他各方当事人的真实意愿以及该协议的完整性，否则这份协议可能无法完全得到法律的认可。建议您仔细审查所有相关文件并寻求专业的法律意见以确认其合法性。