如果您怀孕期间与您的丈夫分居，并且在您不知道的情况下有了孩子的父亲，您可以考虑起诉离婚。但是，请注意以下几点。 您需要有足够的证据证明您知道您的孩子不是由您的前夫所生。 如果您决定起诉离婚，您需要准备好所有的文件和证据，包括但不限于结婚证、生育证明、医疗记录等。 在诉讼过程中，您可能需要聘请一位经验丰富的律师来帮助您。 请注意，每个案件的具体情况都不同，因此在决定是否起诉之前，建议您先咨询一位专业的法律顾问。