一、法律后果。 私自注册物流公司违反了商业行为的法律规定，可能构成非法经营罪或未经许可经营罪。此外，私自设立和使用自己的物流公司可能会对公司的合法利益造成损害。 代开发票的行为违反了发票管理规定，可能导致税务机关追缴税款并处以罚款。 取得供应商回扣属于不正当竞争行为，可能被认定为行贿犯罪。 二、是否应退还客户支付的款项。 根据您提供的信息，公司已经同意赔偿您人民币20万元，并且您已经偿还了其中的5万元。因此，剩下的15万元应该是应当退还给您的。但是，请注意，这并不意味着公司会直接将这笔钱退还给您，而是希望您能够通过其他方式解决纠纷。 三、法律武器的运用。 您可以考虑以下几种方法来保护自己。 向相关部门投诉或举报违法经营活动，寻求司法介入。 寻求法律顾问的帮助，了解相关的法律法规，以及可能采取的法律措施。 尝试与对方进行协商，达成和解协议，避免进一步的诉讼。 请注意，上述建议仅供参考，具体操作时请务必咨询专业的法律顾问。同时，为了避免不必要的麻烦，建议您尽早处理此事，以免事态恶化。