根据《中华人民共和国反不正当竞争法》的规定，如果企业在不知情的情况下与违法的企业进行合作或者发生经济往来，并且这些行为没有构成不正当竞争或损害其他企业的合法权益，则一般不会被视为违法行为。然而，具体判断是否属于违法行为还需要考虑多个因素，如合作的具体性质、违法企业的具体情况以及合作双方的行为等。 在实践中，企业应当采取积极的措施来保护自身权益，及时发现并处理可能存在的风险和隐患。同时，企业也应该加强自身的内部管理，建立健全内部控制机制，提高防范意识，以防止此类事件的发生。对于已经发生的违法行为，企业应按照相关法律法规的规定进行处理，避免对自身造成不必要的损失。