公司破产后对员工的补偿项目主要包括职工的工资和医疗、伤残补助、抚费用，应当划入职工个人帐户的基本养老保险，医疗保险费用，公司申请破产怀孕员工的处理是法律、行政法规规定应当支付给职工的补偿金。