合作医疗一般是到乡镇的民政部门去办理。合作医疗需要拿着户口册和身份证，带上两张照片，到户口所在地的基层民政部门医保办办理。新型农村医疗合作制度的基金采取专户存储，专款专用的方式，严禁任何单位和个人违法挪用。参加合作医疗的农民到县(市)、乡(镇)、村定点医疗机构就诊时，可直接按规定减免或报销部分医药费用。