工厂不当时结算工资恶意克扣的，违反《劳动法》《劳动合同法》，建议向劳动监察部门举报，或者向人力资源与社会保障局的劳动仲裁委申请劳动仲裁；不服的，可以诉讼至法院判决，申请支付令。