合同纠纷可以由双方当事人协商进行私了处理的。民事纠纷和刑事纠纷是不一样的，合同纠纷属于民事纠纷的一种，合同双方的当时在履行合同过程中发生纠纷的，当事人对于自己的权利是有极大的处分权限的，因此可以通过双方协议一致进行私了处理的，但需注意的是，若担心对方反悔，可以通过人民调解委员会向法院申请出具与生效判决效力相同的调解书，该调解书与法院生效判决书具有相同效力。