《中华人民共和国农村土地承包法》第二十四条规定。“通过招标、拍卖、公开协商等方式承包农村土地，经依法登记取得权属证书的，可以依法采取出租、入股、抵押或者其他方式流转土地经营权。”该规定明确指出，可以通过招标、拍卖、公开协商等方式进行土地流转，并且经过依法登记取得权属证书的土地，可以依法采取出租、入股、抵押或者其他方式流转土地经营权。 因此，在2014年原村两委流转荒山时约定50年的年期，如果已经通过合法程序进行了登记并取得了权属证书，则该行为是符合法律规定和合同法规定的。但是，具体到这个案例中是否合法还需要根据当地的法律法规以及当地法院的具体判例来判断。