根据《中华人民共和国民法典》及其司法解释的规定，夫妻双方协议离婚后分居，并且孩子需要入学等事宜涉及户口迁移的，仍然可以依法办理离婚手续。但是需要注意的是，在实际操作中，可能会遇到一些具体的问题和困难，例如户籍迁移、子女抚养权等问题。因此，建议在处理此类问题时，应当寻求专业的法律帮助，以确保自己的合法权益得到充分保护。