《中华人民共和国个人所得税法》规定，对企事业单位和其他组织的承包经营、承租经营所得应缴纳的个人所得税，由发包方或者出租方依法代扣代缴。因此，如果物流公司从您的运输收入中直接扣除3%的个人所得税是不合法的。 此外，《中华人民共和国民法典》也明确规定，当事人一方不得擅自更改或增加合同条款。在本案例中，物流公司单方面调整了管理费用标准并要求车主支付，这种行为违反了合同中的约定，可能构成违约，需要根据具体情况承担相应的法律责任。 建议您与物流公司协商解决，如无法达成一致，可以向当地工商行政管理部门投诉，寻求帮助。同时，也可以考虑通过法律途径维护自己的权益。