交通事故住院新农合一般是不会报销的，交通事故是属于第三方费用，不在家庭村合作医疗报销范围内。只有在交通肇事者不支付或者行为人无法确定的情况下，新农合基金才应当按照规定的比例先行支付，新农合基金垫付后，有权向第三方索赔。