您好，根据您提供的信息，您父亲通过您哥哥的名义申请并缴纳了费用，办理了土地使用权证书，并且在1999年时也签署了分家协议，其中有一间房子给了您的小儿子。然而，在拆迁过程中，对方认为这间房子是您父亲所有，并要求给予补偿。针对这种情况，您可以考虑以下几个方面进行应对。 核实产权归属。首先，您需要确认该房屋确实属于您父亲所有，而非其他任何人士或机构。可以通过查询房产档案、与相关部门沟通等方式来证实这一点。 证据收集。为了证明房屋确实是您父亲所有，可以收集相关文件和证明材料，如购房合同、付款凭证等。这些证据有助于支持您关于房屋所有权的说法。 委托专业律师介入。如果上述步骤中存在疑问或者困难，建议寻求专业的律师帮助。律师可以帮助您梳理复杂的法律关系，提供针对性的解决方案，以维护自己的合法权益。 了解相关政策。拆迁政策可能会有所不同，特别是在涉及集体土地使用等方面。确保充分了解当地的拆迁政策和法律规定，以便更好地保护自己。 协商解决。在确保自身权益的前提下，尝试与开发商或其他利益相关方进行协商。如果无法达成一致，可能需要采取法律途径，但在此之前，应尽量避免激化矛盾，以免影响后续处理过程。 希望以上信息对您有所帮助，如果您有更多具体的问题或需要进一步的帮助，请随时向我咨询。