在处理此类案件时，首先需要明确的是，没有结婚证的情况下怀孕并生下孩子的情况，在我国法律上并不被认为是婚姻关系的成立。因此，无法通过法院判决来确定孩子的抚养权归属。 然而，如果双方存在合法有效的婚姻关系，并且已经分居一段时间，法院可能会考虑夫妻共同财产和子女利益等因素，综合判断孩子的抚养权应该归谁。此外，如果孩子不满两周岁，法院通常会优先考虑孩子的最佳利益，即以母乳喂养为主，同时也会考虑父亲的探视权利等其他因素。 在这种情况下，建议您尽快联系专业的法律顾问或律师事务所，以便得到更准确和专业的法律意见。他们可以分析具体案情，为您提供个性化的解决方案。