第一，性质不同。从性质上看，行政证据具有行政执行性，属于行政程序制度的内容;行政诉讼证据具有司法审查性，是司法制度的重要组成部分。具体来说，行政证据的调查收集主体是行政机关，而行政诉讼证据的调查收集主体是法院。前者是行政机关运用行政权调查收集的事实和材料，后者主要是法院运用审判权调查收集的材料。行政证据主要是形成性证据①在行政机关作出具体行政行为之前，公民、法人或者其他组织之间不存在现实的行政法律关系。行政证据的作用正是为了证明公民、法人或其他法定的权利义务的真实性，证明行政法律关系各个构成要素的客观性。而行政诉讼证据主要是审查性证据，②是对已经使用过的证据进行复查，以查明是否存在不合理或不合法的情况。由此可见，行政证据和行政诉讼证据是两种不同性质的证据。 第二，目的不同。从目的上看，行政主体使用行政证据的目的是把国家法律、法规、规章正确的实施于相对人，也就是说之所以要调查、运用证据，是为了令国家机关行使其法定的管理权力，即行政主体在行政程序中运用证据的目的是为了确保其做出的行政行为合法适当。行政诉讼证据则是要证明行政机关所作出的具体行政行为的正确性，即确认行政机关行为的合法性。而且行政相对人运用证据的目的也各不相同。行政相对人在行政程序中运用证据的目的是为了取得有利地位，比如取得行政许可证和营业执照或者免除某种义务。行政相对人运用行政诉讼证据的目的是为了胜诉。法院运用行政诉讼证据是为了查明案件事实，准确地作出裁判。