新碳林全垦开荒两年后种植树木是否违法，需要根据具体情况进行判断。一般情况下，如果在全垦地上的土地使用年限内（通常为30年），且没有违反相关法律法规的情况下，是可以进行植树造林的。 然而，在某些特殊情况下，例如涉及土地权属纠纷、土地利用规划变更等情况时，可能会影响植树造林的行为合法性。因此，建议您详细咨询当地的自然资源管理部门或法律顾问，以获得更为准确和具体的解答。同时，注意遵守当地的土地管理规定和法律规定，确保您的行为合法合规。