您好，我是房主，15年3月签租赁合同一年，租金年付。对方的目的是注册公司。之前中介讲过出租房屋税由乙方交纳，乙方同意。业主可帮租客提供开公司的场地证明。业主在不知情的情况下，16年3月合同期满退押金。乙方只交纳3个月的出租房屋税，现欠981元，包括滞纳金。多次打电话不接，后期接通电话语言蛮横无礼，说起诉可以。偏说他交纳的300元是注册公司费，房租出租税应由业主交，中介可以作证乙方在撒谎。同和出租房屋税那里可查到乙方交纳确属房屋税，注册公司不需交费。请问律师我起诉乙方民事纠纷可以吗？如果乙方输了，是不是还要付起诉费呢？