根据您提供的信息，如果您的丈夫在外有小三并且怀孕，且您想起诉离婚，但是他的工厂存在负债，包括但不限于银行贷款和未偿还的款项。在这种情况下，法院可能会考虑夫妻共同财产分割的问题，以及可能存在的债务。 关于是否需要承担债务的问题，这取决于具体的法律规定和判决结果。在某些地区或国家中，夫妻双方可能需要共同承担责任以偿还这些债务。然而，在其他地方，债务可能是由一方个人承担，另一方则不需承担任何责任。 因此，为了确保自己的权益得到保障，建议您尽快寻求专业的法律帮助，以便更好地了解您的权利和义务，并采取适当的行动来保护自己免受不必要的财务损失。