根据《中华人民共和国城市房地产管理法》的规定，国有土地使用权的取得方式包括出让和划拨两种形式。在您的情况下，如果您的朋友以其独资企业的土地作为认缴出资设立有限责任公司，并且公司已经成立并运营了一年多，那么您朋友的土地使用权应当通过以下方式进行处理。 申请土地使用权变更登记。首先，您朋友应向当地国土资源管理部门提交相关材料，如土地使用权转让合同、土地使用权证等文件，请求将土地使用权从独资企业转移到新设立的有限责任公司名下。 办理土地使用权转移手续。经审查后，国土资源管理部门会依法对土地使用权进行变更登记，更新土地使用权人信息，并颁发新的土地使用权证书。 办理公司不动产权属证书。最后，由您朋友的新公司依据法律规定，到房产管理部门办理公司名称下的不动产权属证书，以证明该土地使用权已转移至有限责任公司名下。 需要注意的是，在整个过程中，您朋友及其公司的行为应当符合法律法规的要求，避免因违反规定而产生不必要的法律风险。如果您有任何疑问或需要进一步的帮助，请及时与专业人士联系。