您好！根据我国《民法典》的规定，对于房屋用途的约定，通常应当以书面形式进行明确，否则可能被视为默认为居住或商业用途。如果业主在购房时对物业功能有特别约定，并且该约定符合法律规定，那么即使后来进行了改造，也可能会被法院认定为有效。 但是，在您所描述的情况下，即一层二层作为医疗养老院使用，这可能涉及到违反了相关法律法规以及物业管理规定。具体而言，医疗机构属于特殊服务设施，需要经过相关部门审批并取得相应的资质后才能设立。此外，医疗养老院的运营也需要遵守一定的卫生安全标准和管理要求。 因此，建议您详细阅读相关法规，确保您的行为不违反任何法律规定，并与物业公司等有关部门沟通，了解具体的法律程序和操作细节，避免不必要的法律风险。同时，也可以考虑聘请专业的法律顾问来协助处理相关事宜。