关于您所描述的情况，具体处理方法取决于多个因素，包括但不限于双方的具体情况、当地法律规定以及法院的裁决等。 首先，如果您已经与对方分居，并且孩子由一方抚养，那么通常情况下，孩子抚养权将根据当地的法律规定和法院判决来确定归属。在大多数地方，抚养权一般倾向于母亲或更亲近的母亲。 其次，对于孩子的出生证明上的姓名问题，如果双方同意更改，通常可以在办理户籍变更手续时进行。但是，在某些地区，更改姓名可能需要经过一定的程序或者等待一定的时间。 最后，关于户口问题，如果孩子的父母都同意并符合相关的条件（如双方已离婚、子女已满6岁），则可以通过办理户口迁移手续将其户口迁回母亲名下。但需要注意的是，具体的政策可能会有所不同，建议您咨询当地的公安局或相关部门以获取准确的信息。 总之，针对您的具体情况，建议您先详细了解相关法律法规及当地政策，以便做出最合适的决定。同时，也可以考虑寻求专业的法律帮助，以确保自己的权益得到保护。