根据《中华人民共和国刑事诉讼法》第一百一十条的规定，对于人民法院已经发生法律效力的判决和裁定，有权提起申诉的公民、法人或者其他组织，认为人民法院在审理案件时有违法行为或者对决定不服的，可以向上一级人民法院申请再审。如果法院存在违法裁判或错误执行的情形，则应当依法承担责任。 企业在发现员工有违法犯罪行为后，若不将其移送司法机关处理，可能会违反法律规定，导致其承担相应的法律责任。例如，如果该员工的行为构成犯罪，那么企业的失职可能被视为间接参与了犯罪活动，从而影响到企业的声誉和商业信誉。此外，这种行为也可能违反相关法律法规关于保护公民权益的规定。 因此，企业在发现员工有违法犯罪行为时，应当及时向公安机关报案，并按照相关规定提交相关的证据材料。同时，也应确保自身的合规性，避免因疏忽大意而导致的法律责任。