两个险种的赔偿原则和赔偿顺序不同，交强险实行的是“无过错责任”原则，即无论被保险人是否在交通事故中负有责任，保险公司均在责任限额内予以赔偿。而商业三者险采取的，则是“保险公司根据被保险人在交通事故中所承担的事故责任，来确定其赔偿责任”。在赔偿顺序上应先在交强险项下赔付，超出赔付范围的，再由商业三者险进行赔偿。此外，在商业三者险中设置有免赔率或免赔额等规定，即保险公司对超出免赔率或免赔额的部分才进行赔偿。在赔偿顺序上应该是先在交强险赔偿下，超额部分再由商业三者险进行赔偿。