我们公司分包了五冶上海有限公司的工程项目，合同签订付款现汇或银行承兑汇票，但是实际操作是直接扣了我们2.5%-3.6%不等的贴息，这样我们财务开出的发票和回款不相符了。请问甲方付款直接扣贴息合法吗？